Магдебургское право было даровано Вильнюсу  королем Ягайлой в 1387 году.  Горожане получили право избирать из своей среды городской совет и иметь собственный суд. В  обязанности городского совета  входил сбор налогов и уплата денежной ренты в королевскую казну. В случае войны  город  должен был отправлять на помощь войску отряды ополчения.  В том же 1387 году было начато строительство ратуши на главной площади,  куда сходились дороги со всех окрестных стран  и где находился рынок. Первое здание было в стиле готики, с башней, увенчанной кованым флюгером. Здесь заседал магистрат и суд, находились  канцелярия, казна, архив, палата мер и весов. В подвалах располагалась городская тюрьма.  Бой часов на башне возвещал жителям о наступлении нового часа, а в колокола били во время пожара, нападения, прибытия почетного посольства или смерти влиятельного человека.

В ХVIII веке ветхое готическое здание было решено снести и построить новое, которое  сохранилось до наших дней. Оно выполнено  по проекту знаменитого архитектора Лауринаса Стуоки-Гуцевичюса, в стиле классицизм. Это белое монументальное здание, украшенное колоннами. На главном фасаде изображен покровитель Вильнюса – святой Христофор несущий на плече младенца Христа.

После третьего раздела Речи Посполитой все города  лишились прав самоуправления и в здании  ратуши разместился городской театр. В 1854 году в нем состоялась премьера  знаменитой  оперы польского композитора Станислава Монюшки «Галька». 

С середины ХХ века здесь размещался Художественный музей.

В наше время здание используется для репрезентационных целей. Тут проходят выставки, концерты, литературные вечера. В левом углу ратуши располагается информационный центр для туристов.